Ultima ma non meno importante novità introdotta da epub3 riguarda la possibilità di ricorrere al linguaggio di programmazione Javascript per realizzare ebook interattivi. In genere anche gli elementi interattivi, come le animazioni, vengono utilizzati negli epub a layout fisso.
L’interattività nei libri digitali – un argomento che in certi casi può suscitare polemiche – va adottata con prudenza e consapevolezza per almeno due ragioni.